科普中國 2025-06-25 10:44:15
地球自形成以來,經(jīng)歷了46億年的漫長演化。大約在25億年前,原本富含甲烷的地球大氣突然開始積累游離氧氣,這一事件被稱為“大氧化事件”(Great Oxygenation Event, GOE)。
最近發(fā)表在《科學》上的一項研究發(fā)現(xiàn),當時的古細菌為了生存,竟然在好氧菌與厭氧菌之間反復“橫跳”。好氧菌是在有氧環(huán)境中生長并依賴氧氣進行能量代謝的微生物,而厭氧菌則在無氧環(huán)境中生長,部分種類甚至無法在有氧條件下存活。
古老的細菌記錄:無氧世界的“原住民”
在距今約38億至25億年前的太古宙,大氣圈與水圈的氧氣含量極低,不足現(xiàn)代大氣水平的十萬分之一,這時出現(xiàn)的原核生物主要依賴硫酸鹽或甲烷等物質(zhì)作為維持生命的來源。目前,最古老的硫酸鹽還原細菌的記錄來自2001年發(fā)表在《自然》上的一項研究,該研究通過分析西澳大利亞北極約34.7億年前形成的重晶石中的硫同位素,發(fā)現(xiàn)了由細菌活動產(chǎn)成的微觀硫化物。
無獨有偶,2021年發(fā)表在《科學進步》的一項研究發(fā)現(xiàn)了距今約34.2億年的絲狀微生物化石,研究者認為這些微生物可能為產(chǎn)甲烷或甲烷氧化菌。盡管太古宙的生存環(huán)境極其惡劣,這些地球早期的“原住民”卻十分適應(yīng)當時的無氧環(huán)境。
地球大氣氧含量隨時間的變化,PAL指的是現(xiàn)代大氣水平。
(圖片來源:參考文獻[1])
適者生存:古細菌的“隨機應(yīng)變”
當時間來到25億年前,地球告別太古宙,邁進元古宙,地球氧氣水平在短時間內(nèi)激增至現(xiàn)代大氣水平的1%,這一劇變對已經(jīng)適應(yīng)太古宙無氧環(huán)境的“原住民”來說無疑是滅頂之災?!按笱趸录焙?,有氧呼吸逐漸登上歷史舞臺,由于有氧呼吸更高效的能量利用方式,進一步促進了生命的繁盛和進化。
然而,在如此大勢下,古細菌生活方式的改變并非一蹴而就,而是彼此相互斗爭的結(jié)果。來自澳大利亞的研究團隊通過機器學習分析1007種細菌的基因組成,重新描繪了古細菌進化樹。研究結(jié)果顯示,古細菌曾發(fā)生84次從厭氧到有氧生活方式的轉(zhuǎn)變,同時也觀察到了6次從有氧向厭氧的“反水”。
細菌的年代系統(tǒng)發(fā)育樹。分支顏色表示厭氧(藍色)和好氧譜系(紅色)。線粒體和葉綠體分支分別呈橙色和綠色。黑點表示在分子鐘模型中直接校準的節(jié)點。用羅馬數(shù)字標記的紅點表示可能早于“大氧化事件”的有氧過渡。
(圖片來源:參考文獻[4])
雖然有氧菌在“大氧化事件”的幫助下迅速建立了多樣化優(yōu)勢,但是無氧細菌并沒有輕易服輸。隨著大氣氧含量的穩(wěn)定,在接下來的約15億年中,有氧菌建立的多樣化優(yōu)勢不斷減弱。直到最后約5億年,地球進入顯生宙,大氣氧含量再次躍升,有氧菌的多樣化優(yōu)勢開始反彈。即便如此,在距今約2億年的侏羅紀,無氧細菌還出現(xiàn)了一次短暫的復興,科學家推測這次復興可能與早期動物的胃腸道以及更多腐殖質(zhì)提供額外的厭氧生態(tài)位有關(guān)。
地質(zhì)歷史時期好氧菌譜系與厭氧菌譜系多樣化率
(圖片來源:參考文獻[4])
改變世界的藍藻祖先
實際上,古細菌從厭氧向有氧的84次轉(zhuǎn)變并非全部發(fā)生于“大氧化事件”之后,其中有12次可能發(fā)生在“大氧化事件”之前,其中5次后驗概率超過95%。這些古細菌仿佛“預感”到大氧化事件,提前進化出含氧代謝,以應(yīng)對之后的環(huán)境變化!該研究推測,這5次轉(zhuǎn)變中,年齡范圍有3次發(fā)生在“大氧化事件”之前,涉及3個末端氧化酶:早期藍細菌門(early Cyanobacteriota)、綠彎菌門(Chloroflexota)和粘菌門(Myxococcota)(下圖I、II、IV)。
其中,藍藻的祖先可能在學會利用氧氣的基礎(chǔ)上,進一步進化出產(chǎn)氧光合作用,實現(xiàn)了能量代謝的“自給自足”。隨著藍藻種群的不斷擴大并逐漸在全球占據(jù)主導地位,地球大氣中的氧氣濃度迅速增加,促進了其他細菌由無氧代謝到有氧代謝的轉(zhuǎn)變,從而深刻改變了地球上的生態(tài)系統(tǒng)格局。
推斷可能早于GOE有氧轉(zhuǎn)變的年齡范圍(由從藍色變?yōu)榧t色)
(圖片來源:參考文獻[4])
分子鐘模型:細菌的“時間膠囊”
線粒體和葉綠體作為內(nèi)共生細菌(指那些生活在宿主細胞內(nèi),并與宿主形成長期互利共生關(guān)系的細菌),它們的基因變化記錄著宿主細胞的演化歷程。為了校準進化時鐘,科學家創(chuàng)造性地將這些含有線粒體和葉綠體的真核生物化石作為“參照物”,從而增加了可用于測定細菌物種樹年代的化石校準數(shù)量。然后,再利用貝葉斯松散分子時鐘來估計進化速率和發(fā)散時間。通過該技術(shù),科學家繪制出迄今最完整的細菌進化時間表:
1.細菌最后共同祖先(Last Bacterial Common Ancestor,LBCA)存在于冥古宙至太古宙早期(44-39億年前),可能早于后期重轟炸期(約40-38億年前);
2.LBCA的主要后代分支薄壁菌門(Gracilicutes)和陸生細菌超門(Terrabacteria)分別出現(xiàn)于42-36億年前和43-39億年前;
3.現(xiàn)存最古老的細菌年齡:芽孢桿菌門(Bacillota,36-30億年前)、髕骨細菌門(Patescibacteria,34-29億年前)、放線菌門(Actinomycetota,34-28億年前)和藍細菌門(Cyanobacteriota,36-30億年前);
4.約32億年前,藍藻祖先演化出有氧光合作用;
5.現(xiàn)存含產(chǎn)氧光合作用的藍藻年齡為25-21億年前;
6.現(xiàn)存真核生物的共同祖先生活在18-15億年前。
古細菌那84次從厭氧向有氧的演化躍遷,不僅是對生存環(huán)境的驚人適應(yīng),更是生命自身對未來地球的一次次預演與響應(yīng)。它們用億萬年的時間,推動了生命代謝方式的轉(zhuǎn)變,奠定了后續(xù)復雜生命誕生的生態(tài)基石。
從今天的角度回望,那些在微觀世界中悄然發(fā)生的基因重組和代謝切換,其實早已決定了我們這個藍色星球的模樣。這段跨越數(shù)十億年的代謝革命,在微觀尺度上重構(gòu)了生命的可能性邊界。
參考文獻:
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出品:科普中國
作者:Denovo團隊
監(jiān)制:中國科普博覽
責編:李傳新
一審:李傳新
二審:劉文韜
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來源:科普中國
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